1 . होम्योपैथ दवाओं का सबसे बड़ा नुकसान ये है कि किसी आपातकाल स्थिति में ये दवाएं किसी काम की नहीं होती हैं। इसका कारण साफ है कि ये दवाएं धीरे-धीरे असर करती हैं। सर्जरी या अन्य किसी स्थिति में जिस समय मरीज को तुरंत इलाज की जरूरत होती है तो ये होम्योपैथ आपकी किसी भी तरह से मदद नहीं कर सकती।
2 . पोषण संबंधी समस्या या पोषण की कमी होने की स्थिति में ये होम्योपैथिक दवा बिल्कुल भी असरकारी नहीं होती। उदाहरण के रूप में एनिमिया या आयरन की कमी या अन्य तत्वों की कमी होने पर ये दवाएं बिल्कुल बेअसर साबित होती हैं।
3 . होम्योपैथ का साइड इफेक्ट ये भी है कि डॉक्टर की दी गई दवाओं का सेवन अगर निश्चित समय से ज्यादा सीमा तक किया जाए तो इसका ओवरडोज भी आपको नुकसान पहुंचा सकता है। इस वजह से आपके पेट में इंफेक्शन व अन्य परेशानियां भी हो सकती हैं।
4 . हर किसी पर होम्योपैथिक दवाएं उतनी असरकारी होती भी नहीं हैं। ये जरूरी नहीं है कि किसी एक दोस्त को वो फायदा करे तो दूसरे को भी करे। आप भी अगर उनमें से एक हैं जो लंबे समय से होम्योपैथ का सेवन कर रहे हैं और आपको फायदा नहीं हो रहा है तो आप भी किसी एलोपैथ या अन्य डॉक्टर की सलाह जरूर लें।
5 . अक्सर ऐसा होता है कि होम्योपैथ दवाओं का परामर्श आपके चिकित्सकीय इतिहास व बीमारियों पर निर्भर करता है। ऐसा न होने की स्थिति में यह दवाएं आपको अपेक्षाकृत लाभ नहीं पहुंचा सकेंगी।